إذ تعد الطفيليات الداخلية أحد الشواغل الصحية الشائعة بين الخيول حيث قد تتسبب الطفيليات المعوية مثل الأسكاريدات (الصفرانيات)، والأُسطونيَّة الشائعة (دودة الدم)، والديدان الشريطية في فقدان الوزن وفقر الدم والإسهال والمغص. وتشمل الفحوصات الروتينية التي يتم إجراؤها في المختبر الفحص المجهري المباشر، التعويم البرازي، الترسب البرازي لديدان الرئة، اختبار رمل البرازي، اختبار نوت  Knott  للميكروفيلارية عند الخيل ، اختبار الحد من بيض دودة البراز،اختبار بيرمان Baermann لكشف الديدان الاسطوانية وتكميم بيض الطفيليات في البراز باستخدام تعداد بيض البراز ماك ماستر McMaster.

ويتم فحص لطاخات الدم المحيطية للاشتباه بالإصابة بداء البابِسِيَّات الخَيليّ وداء خّفيَّات الأبواغ باستخدام اختبار التبقّع والفحص المجهري. ويتوفر في المختبر أيضًا اختبار هيدروكسيد البوتاسيوم لفحص الطفيليات الخارجية والفطريات الجلدية. ويجري العمل حاليًا على إضافة اختبار الدم الخفي في البراز واختبار مستنبت الدودة الاسطوانية إلى محفظة المختبر.